关于是否违法扣除员工工资，这要根据具体情况而定。如果雇主在没有合理理由的情况下非法克扣员工工资，那么这种行为是违法的。受害者可以向劳动行政主管部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。根据相关规定，只有在特定情况下，如代扣代缴个税、社保费用，或者按照法院判决、裁定要求代扣抚养费等，用人单位才能代扣劳动者工资。其他情况下，任何随意的克扣都是不被允许的。
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处理员工工资被扣除的问题时，可以通过协商、投诉举报和劳动仲裁等方式进行。选择哪种方式应视具体情况而定。如果双方能够达成一致，协商解决是最快捷的方式；如果雇主的行为违法，员工可以向劳动行政主管部门投诉举报；对于较大的争议，申请劳动仲裁是一个有效的解决途径。
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在扣除员工工资时，必须谨慎行事。合法的扣除仅限于代扣个税、社保等费用，任何违法的扣除都可能引发纠纷。在处理此类问题时，应先与员工进行沟通，明确扣除的原因和依据。如果无法协商一致，应引导员工通过合法途径如投诉、仲裁等来解决。雇主应避免随意克扣工资，以维护员工权益和企业形象。