法律分析：加班调休扣工资不合法。公司扣绩效工资，协商不成，收集证据，申请劳动仲裁部门直接提出仲裁，要求用人单位支付所扣的工资，不满仲裁结果，再进行起诉。根据相关法律规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。法律依据：《中华人民共和国劳动法》第七十七条用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。调解原则适用于仲裁和诉讼程序。《工资支付暂行规定》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
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用人单位拖欠或克扣工资，劳动者可以向劳动监察大队投诉或者直接申请劳动仲裁维权。维权时应注意收集整理必要的证据，如工作服、工资条、工牌证人等。
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若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。