房东可代租客申请食品安全许可证，但需租客配合。依据《食品经营许可管理办法》，隐瞒真实情况申请将不被受理，且一年内不得再次申请。若不及时处理，租客可能因无证经营面临处罚，影响店铺正常运营。
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房东需协助租客处理。具体操作：1.与租客沟通，明确责任与配合方式；2.收集所需材料，如身份证、经营场所证明等；3.前往食品药品监督管理部门提交申请；4.跟进审批进度，及时告知租客；5.若租客不配合，需考虑解除租赁合同或寻求法律援助。
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常见处理方式为房东协助租客准备材料并代为申请。根据《食品经营许可管理办法》规定，应确保经营环境及设施符合法规。选择处理方式时，需考虑租客配合度及自身时间精力，确保材料真实有效。