主动离职后能否申请超时加班费需视情况而定。根据《劳动法》规定，若用人单位未足额支付加班费，劳动者离职时可要求经济补偿。若未及时申请，可能面临权益无法保障的不良后果。
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能申请。具体操作：1. 收集加班证据，如考勤记录、工资条等；2. 与用人单位协商，要求支付加班费；3. 协商不成，向劳动行政部门提交举报材料；4. 若举报无果，准备相关证据申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
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处理超时加班费申请，常见方式有协商、举报或仲裁。首先应尝试与用人单位协商；协商无果可向劳动行政部门举报；仍无法解决则可申请劳动仲裁，根据具体情况选择最适合的方式。